- Trụ sở chính của Công ty: đặt tại số 02 Yersin – P. Xương Huân – TP.Nha Trang – Tỉnh Khánh Hòa.

Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát, Ban Giám đốc, các Phòng, ban chuyên môn nghiệp vụ được đặt tại trụ sở chính Công ty.

- Các đơn vị trực thuộc được đặt tại:

+ Đội Đường sắt Vân Canh: Thị trấn Vân Canh – huyện Vân Canh – Bình Định.

+ Đội Đường sắt La Hai: Thị trấn La Hai – Đồng Xuân – Phú Yên.

+ Đội Đường sắt Tuy Hòa: số 222 Lê Trung Kiên – TP. Tuy Hòa – Phú Yên.

+ Đội Đường sắt Đèo Cả: Đại Lãnh – Vạn Ninh – Khánh Hòa.

+ Đội Đường sắt Ninh Hòa: 26 Võ Văn Ký – Thị xã Ninh Hòa – Khánh Hòa.

+ Đội Đường sắt Nha Trang: 01 Lê Hồng Phong – TP. Nha Trang – Khánh Hòa.

+ Đội Đường sắt Cam Ranh: Cam Phước – Cam Ranh – Khánh Hòa.

+ Xí nghiệp xây dựng công trình Khánh Hòa: số 08 Đinh Tiên Hoàng – TP. Nha Trang – Khánh Hòa.