Tiền thân Công ty cổ phần Đường sắt Phú Khánh là Xí nghiệp Quản lý đường sắt Phú Khánh được thành lập theo Quyết định số 879/1998/QĐ/TCCB-LĐ ngày 17/04/1998 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và hoạt động theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 3706000030 ngày 21/07/1998 do Sở Kế hoạch và đầu tư tỉnh Khánh Hòa cấp.Theo Quyết định số 734/2003/QĐ-GTVT ngày 20/03/2003 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Xí nghiệp Quản lý Đường sắt Phú Khánh được chuyển đổi thành Công ty Quản lý Đường sắt Phú Khánh.

     Theo Quyết định số 714/QĐ-ĐS ngày 29/06/2010 của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, Công ty Quản lý đường sắt Phú Khánh được chuyển đổi thành Công ty TNHH một thành viên Quản lý Đường sắt Phú Khánh (100% vốn nhà nước) thuộc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.

     Theo Quyết định số 3894/QĐ-BGTVT ngày 30/10/2015 của Bộ Giao thông vận tải về việc phê duyệt phương án cổ phần hóa Công ty TNHH một thành viên Quản lý Đường sắt Phú Khánh, Công ty chuyển đổi mô hình thành Công ty cổ phần đường sắt Phú Khánh do Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ cổ phần chi phối và hoạt động theo Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp Công ty cổ phần, mã số doanh nghiệp: 4200285254, đăng ký thay đổi lần thứ 2 của Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Khánh Hòa cấp ngày 08/01/2016. Vốn điều lệ tại thời điểm cổ phần hóa là 20.000.000.000 đồng.